Der Film schließt direkt an den Film Star Trek II: Der Zorn des Khan an, an dessen Ende Spock stirbt und sein Leichnam in einer Torpedohülle auf den Planeten Genesis geschossen wird. Nach dem Kampf im Mutara-Nebel befindet sich die schwer beschädigte Enterprise auf dem Weg zur Erde, um dort abgemustert zu werden. Bei der Ankunft im Raumdock bricht Doktor McCoy, der Spocks vulkanisches Katra in sich trägt, in Spocks Quartier ein und wird schließlich von Kirk gestellt, der erkennt, dass mit McCoy etwas nicht stimmt. McCoy versucht illegal, zu dem zum Sperrgebiet erklärten Genesis-Planeten zu gelangen, wird jedoch von der Sicherheit gestellt und in eine psychiatrische Anstalt der Sternenflotte gebracht. Scotty wird zu seinem Leidwesen zur neuen „U.S.S. Excelsior“ versetzt und soll dort den Einbau eines Transwarp-Antriebes überwachen. Währenddessen sind Saavik und David an Bord der U.S.S. Grissom nach Genesis zurückgekehrt, um den neu entstandenen Planeten zu untersuchen. Sie stellen dabei fest, dass Spocks Sarg leer ist. Wenig später finden sie ein vulkanisches Kind, das von Saavik als Spock identifiziert wird. David erklärt Spocks Zustand mit dem Genesis-Phänomen, das zur Regeneration von Spocks Körper führte. David erkennt außerdem, dass der Planet Genesis sich rapide verändert, zunehmend eine Bedrohung wird und zu zerbrechen droht.
Als der klingonische Captain Kruge von dem Genesis-Torpedo erfährt, beschließt er, die aus seiner Sicht „ultimative Waffe“ an sich zu bringen und deswegen nach Genesis zu fliegen. Dort trifft er auf die U.S.S. Grissom, die versehentlich zerstört wird, obwohl er Gefangene nehmen wollte. Er bemerkt jedoch, dass sich noch Saavik und David auf dem Planeten befinden und befiehlt, sie gefangen zu nehmen.
Kirk erkennt durch einen Besuch von Spocks Vater Sarek, dass Spock vor seinem Tod sein Katra, seinen Geist, in McCoy übertragen hat und nur sein Körper gestorben ist. Sarek macht Kirk klar, dass Spock gerettet werden kann, wenn McCoy und Spocks Körper nach Vulkan gebracht werden, um dort den Körper mit seinem Katra wieder zu vereinen. Kirk bittet die Sternenflotte, mit der Enterprise und McCoy nach Genesis zu fliegen, bekommt jedoch eine Absage. Er beschließt daraufhin, McCoy zu „entführen“ und die Enterprise zu kapern. Unterstützt wird er dabei von Uhura, Sulu, Chekov, McCoy und Scotty, der die U.S.S. Excelsior, die versucht die Enterprise zu stoppen, flugunfähig macht. Sie fliehen mit der notdürftig geflickten Enterprise aus dem Raumdock in Richtung Genesis-Planet.
Kruge hat währenddessen David, Saavik und Spock gefangen genommen und will das Geheimnis von Genesis erfahren. Als die Enterprise im Genesis-Sektor eintrifft, wird sie vom klingonischen Schiff überrascht und funktionsunfähig geschossen. Kruge verdeutlicht seine Forderung nach den Genesis-Unterlagen, indem er einen der Gefangenen töten lässt. Es ist David, Kirks Sohn. Geschockt von der Nachricht und dem Zustand der Enterprise beschließt Kirk einen Hinterhalt. Er bietet Kruge die Kapitulation an, der daraufhin Entertruppen auf die Enterprise schickt. Die ist jedoch leer, da Kirk sich auf den Planeten gebeamt und vorher die Selbstzerstörung aktiviert hat. Die Enterprise explodiert samt Klingonen und stürzt über Genesis ab. Auf dem Genesis-Planeten, der nun kurz vor der Zerstörung steht, kann Kirk Kruge davon überzeugen, seine Crew und Saavik auf das klingonische Schiff zu beamen. Danach kommt es zum Kampf zwischen Kruge und Kirk. Kirk kann Kruge besiegen und zusammen mit Spocks Körper im letzten Augenblick Genesis verlassen, bevor der Planet explodiert. Kirk fliegt mit Spock und dem Rest der Crew auf dem gekaperten klingonischen Schiff nach Vulkan, um die Vereinigungszeremonie von Spocks Körper und Geist durchführen zu lassen. Auf dem Berg Seleya wird schließlich Spocks Katra aus McCoy entfernt und auf Spocks Körper übertragen. Am Ende ist die Enterprise-Besatzung wieder komplett vereinigt und bereit, zur Erde zurückzukehren und sich dem dort wartenden Kriegsgerichtsverfahren zu stellen.
Quelle : Wikipedia
